Wenn ich eine Anwendung in Sandboxie ausführe, hat das keinerlei Auswirkungen auf das eigentliche System, od

das genau ist der Sinn der Sache

Ja, das stimmt so weit.
Was du aber beachten musst:
Wenn die Anwendung innerhalb von Sandboxie nix bößes macht, muss das nicht zwangsläufig heissen, dass sie sich außerhalb von Sandboxie genauso verhält.